Согласно его словам, именно благодаря Федотову органам госбезопасности удалось подготовить и осуществить масштабные операции в рамках ВОВ, которые сорвали блицкриг нацистской Германии и помогли переиграть ее разведывательную службу. Специалист добавил, что генерал-лейтенант смог возглавить контрразведывательный отдел ведомства в 1940 году.
Незадолго до вторжения нацистов Федотов приказал установить в доме Эрнста Кестринга, немецкого разведчика в Советском Союзе, прослушивающие устройства, что позволило получить нужные сведения о планах Гитлера касательно грядущей войны. Были также проведены операции, направленные на ликвидацию националистических ячеек в западной части Украины. В годы войны контрразведке СССР удалось схватить тысячи нацистских агентов.